โรงเรียนวัดเสาธงนอกให้ความสำคัญกับการดูแลช่วยเหลือนักเรียนอย่างเป็นระบบ ครอบคลุมทั้งด้านการเรียน อารมณ์ สังคม และสุขภาพ ตามแนวทาง 5 ขั้นตอน
- รู้จักนักเรียนเป็นรายบุคคล
- คัดกรองนักเรียน
- ส่งเสริมและพัฒนา
- ป้องกันและแก้ไขปัญหา
- ส่งต่อผู้เชี่ยวชาญ
มีครูที่ปรึกษาประจำชั้น ระบบเยี่ยมบ้าน และความร่วมมือกับผู้ปกครอง ทำให้โรงเรียนวัดเสาธงนอกได้รับรางวัลระบบดูแลช่วยเหลือนักเรียน ระดับดีเยี่ยม